この記事は2016年6月10日に書かれたもので、内容が古い可能性がありますのでご注意ください。
WordPressのテーマ編集時にプラグインのショートコードを使うときがたまにあります。
その時に[ショートコード]だけを貼り付けてもそのままのテキストとして認識されてしまいます。
PHPでショートコードを使う場合はもうひと手間書き加えます。
<?php echo do_shortcode('[ショートコード]'); ?>
これで正常に読み込まれますよ。